Profile:

 叶育森，2020年3月以“人才引进”破格副教授进入计算机科学与技术学院计算生物信息研究所工作，并于2021年6月遴选为硕士研究生导师。主要的研究方向为生物数据分析、深度学习及图表示学习理论、生物信息学等。主要的代表作发表在《Advanced Science》 【IF=17.5，中科院1区TOP，2019和2023两篇】、《Nucleic Acids Research》【IF=19.2，中科院1区TOP】，《Journal of Molecular Cell Biology》【IF=8.2，中科院1区TOP】、《Bioinformatics》【IF：6.9，中科院2区Top】、《PLOS Computational Biology》【IF：4.8，中科院2区Top】等国际高水平学术期刊发表。

 依托以上研究成果，申请人研究成果入选“2019年度中国生物信息十大算法和工具”，获“陕西省优秀博士论文”，“ACM SIGBIO 中国新星奖”和“西电首届校长奖”，入选 “西安市科协青年人才托举计划”，“西电华山菁英人才计划”和“西电基础研究跃升计划”等。研究成果多次在国际国内会议邀请报告，包括计算系统生物学国际会议邀请报告（ISB2022），中国计算机学会生物信息学会议（CBC2020）特邀报告，生物信息学与智能信息处理学术年会（BIIP2019和BIIP2023）口头报告，10x Genomics公司西安站特邀报告，第二届陕西省生物信息学年会特邀邀请，第一届山东省生物信息学年会邀请报告等。主持或作为核心参与人参与国家自然科学基金青年和面上项目【三维基因组研究】以及重点项目【单细胞多组学研究】，作为主要负责人之一撰写并负责教育部联合基金重点项目【疾病多组学研究】。担任CCF生物信息学专业委员会执行委员、CAAI生物信息学与人工生命专业委员会执行委员、中国运筹学会青年理事等职务，以及10多个SCI杂志（如《Advanced Science》、《Bioinformatics》、《Brief in Bioinformatics》等）的审稿人。

主要研究成果参考

1)    Yusen Ye, Lin Gao, Shihua Zhang. Circular Trajectory Reconstruction Uncovers Cell-Cycle Progression and Regulatory Dynamics from Single‐Cell Hi-C Maps. Advanced Science, 2019, 6(23): 1900986. 【2019年度中国生物信息学十大算法和工具】【IF=15.1，中科院一区TOP】

2)      Yusen Ye, Lin Gao, Shihua Zhang. MSTD: an efficient method for detecting multi-scale topological domains from symmetric and asymmetric 3D genomic maps. Nucleic acids research, 2019, 47(11): e65-e65. 【IF=14.9，中科院一区TOP】

3)      Yusen Ye, Zhang S, Gao L, et al. Deciphering Hierarchical Chromatin Domains and Preference of Genomic Position Forming Boundaries in Single Mouse Embryonic Stem Cells. Advanced Science, 2023: e2205162.【IF=15.1，中科院一区TOP】

4)      Weibing Wang, Lin Gao, Yusen Ye, et al. CCIP: predicting CTCF-mediated chromatin loops with transitivity. Bioinformatics, 2021, 37(24): 4635-4642.【IF=5.8，中科院二区TOP】

5)      Junping Li, Lin Gao, Yusen Ye. HiSV: A control-free method for structural variation detection from Hi-C data. PLOS Computational Biology, 2023, 19(1): e1010760.【IF=4.3，中科院二区TOP】

6)      Shichen Fan, Dachang Dang, Yusen Ye, et al. scHi-CSim: a flexible simulator that generates high-fidelity single-cell Hi-C data for benchmarking. Journal of Molecular Cell Biology, 2023: mjad003. 【IF=5.5，中科院一区TOP】

7)   高琳,胡宇轩,叶育森,张世雄,单细胞数据驱动的关键问题与挑战,中国计算机学会通讯,2022,18(4:28-35.【申请人重点论述单细胞三维基因组研究】

8）Yamin Liu, Yusen Ye, Lin Gao. SpriteHyper2vec: A SCSPRITE Data Completion Method Based on Hypergraph Random Walk. 2023 IEEE 9th International Conference on Cloud Computing and Intelligent Systems (CCIS)

9）Yusen Ye, Lin Gao, and Shihua Zhang. Integrative analysis of transcription factor combinatorial interactions using a bayesian tensor factorization approach. Frontiers in genetics 8 (2017): 140.

10）Fei Xiao, Lin Gao, Yusen Ye, et al. Inferring gene regulatory networks using conditional regulation pattern to guide candidate genes. PloS one, 2016, 11(5): e0154953.

11）Yusen Ye, Lin Gao, Shihua Zhang. MSTD for Detecting Topological Domains from 3D Genomic Maps. Stem Cell Transcriptional Networks: Methods and Protocols, 2020: 79-92.

投稿中研究成果

1)      Han Xu, Yusen Ye, et al. Beaconet: A reference-free method for integrating multiple batches of single-cell transcriptomic data in original molecular space, Advanced Science, Major revision

2)      Weibing Wang, Yusen Ye, and Lin Gao. Statistical modeling and significance estimation of multi-way chromatin contacts with HyperloopFinder, Genome Research, Under review

3)      Junping Li, Yusen Ye, and Lin Gao. DeCGR: an interactive tool for automatically deciphering complex genome rearrangements from chromatin contact maps, Briefings in Bioinformatics，Under review

专利

1） 叶育森; 刘亚民; 高琳 ; 一种基于超图随机游走的scSPRITE数据补全方法, 2023-5-29, 中国, 2023106215951   

      2） 高琳; 宋拓; 叶育森 ; 基于图卷积网络的单细胞子区室检测方法, 2022-05-27, 中国,  202210600216  （2023年授权）

      3）高琳; 史凯玥; 胡宇轩; 叶育森; 张晨星 ; 大规模单细胞转录组数据高效聚类方法, 2021-04-27, 中国,  CN202110459530

基金项目

1)   国家自然基金青年项目，三维基因组染色质结构域识别及功能研究，2021.1-2023.12，项目负责人

2）国家自然基金面上项目，三维基因组结构模式挖掘方法研究，2019.1-2022.12，核心参与人

3)  国家自然基金重点项目，基于网络模型的癌症相关模式挖掘理论与方法，2016.1-2020.12，主要参与人

4) 西安电子科技大学“基础科研跃升计划优秀青年储备项目”，2023.1-2025.12，项目负责人

5)  教育部联合基金重点项目 面向****机理解析的多组学高性能智能分析系统，2023.12-2026.12，实际负责人

主要科研奖励

1）2019年度“中国生物信息十大算法和工具”   领域全国前十

2） 2022年度“ACM SIGBIO 中国新星奖”      领域全国唯三（排名第一）

3)  2022年度“陕西省优秀博士论文”           省级100篇

4)    2022年度“西安电子科技大学优秀博士论文” 校级31名

5)   2019年度西安电子科技大学“首届校长奖”   校级博士唯三

6)   2023年度“西安市科协青年人才托举计划”项目 市级80项